Am Ende des 16. Jahrhunderts stand das Kloster vor der Auflösung, die aber vom Papst und der tirolischen Landesregierung aus politischen und religiösen Gründen verhindert wurde. Eine große Wende und neue Blüte setzte mit Abt Matthias Lang aus Weingarten (D) am Anfang des 17. Jahrhunderts ein. Die Zahl der Mönche vermehrte sich zusehends, und im Jahre 1724 konnte die Abtei in Meran ein humanistisches Gymnasium gründen. Einen Rückschlag brachte wiederum das Jahr 1807, in dem das Kloster durch die Bayerische Regierung aufgehoben, die Mönche vertrieben und Kloster, Kirche, Archiv und Bibliothek wertvoller Bestände beraubt wurden. Auch das Meraner Gymnasium musste vorübergehend schließen. Doch 1816 wurde die Abtei wiederhergestellt und in Meran das Gymnasium weitergeführt.