Alla fine del XVI secolo il convento rischiò la chiusura che però fu evitata per motivi politici e religiosi con l’intervento del Papa e del governo del Tirolo. La storia del monastero conobbe una grande svolta e rinascita con l’abbate Matthias Lang di Weingarten (D) all’inizio del XVII secolo. Il numero dei monaci crebbe considerevolmente e nel 1724 l’abbazia istituì a Merano un ginnasio umanistico. Un altro momento difficile per il monastero fu l’anno 1807 quando il governo bavarese decretò la sua chiusura, allontanando i monaci e sottraendo numerosi oggetti preziosi al convento, alla chiesa, all’archivio e alla biblioteca. Anche il ginnasio meranese fu temporaneamente chiuso. Nel corso del XIX secolo il ginnasio divenne un centro di cultura d’eccellenza.